外显子组测序发掘T细胞淋巴瘤致病基因

      日本东京大学学者使用全外显子组测序与目标区域深度测序相结合的方法，从上百例血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）样本中找出并确认了相关致病基因RHOA，这一结果发表在2014年1月的Nature Genetics上，该发现为AITL的靶向药物开发提供了很好的理论基础。

      血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）是外周T淋巴细胞瘤（PTCL）的一种特殊亚型，占所有T细胞淋巴瘤总数的约20%，患者通常可以观察到全身性的淋巴结病以及反复发作的自身免疫性疾病。人们通常认为AITL细胞一般都是卵泡T辅助细胞（TFH cell），其他的PTCL细胞（Peripheral T cell lymphoma-not otherwise specified，PTCL-NOS）则与普通的成熟T淋巴瘤细胞类似，AITL的致病机理尚不清楚。

      作者使用全外显子组测序先对三例AITL样本和三例PTCL-NOS样本以及它们各自的对照样本进行了深入研究，有86.5%的目标区域都达到了20X以上的测序深度。通过分析和验证，一共发现了87个非同义的体细胞突变，包括79个错义突变、5个无义突变和3个小片段缺失。在这些突变中，有一个基因的突变同时出现在了所有的AITL样本中：RHOA，该基因编码区上第50位碱基G突变成了T，导致其蛋白发生了一个Gly-Val的转变。

      得到这一结果后，作者对另外72例AITL和87例PTCL-NOS样本的编码区进行了深度测序验证，发现这159例样本中有66例都发生了RHOA基因突变：AITL（51/72；70.8%）而PCTL-NOS（15/87；17.2%），且其中的绝大多数突变位点都发生在第50位G/T突变，免疫组化的结果也证实了该基因在这些样本中的突变对蛋白造成的影响。除此之外，这159例样本中还发现了TET2，IDH2和DNMT3A这几个相关基因突变，它们与AITL的关联性也非常高。RHOA是一个小型GTP酶蛋白，其氨基酸序列和蛋白结构在许多物种中都非常保守；Gly17Val的突变型RHOA蛋白的三维模型结构研究表明这一突变导致其与GDP和GTP的结合能力发生了改变。这一观点也在NIH3T3细胞的过表达实验中得以证实。

      AITL中频繁出现的RHOA突变表明了该基因在疾病中的重要地位，许多证据表明野生型的RHOA在人类肿瘤中更多的是扮演一个抑癌基因的角色，本研究的实验结果很好的解释了RHOA致病的分子机理。