如何利用RNA-seq寻找生物标志物

最近，瑞典卡罗林斯卡学院和爱沙尼亚医疗技术能力中心的科学家合作，开发出了一种新的基因表达分析方法，让通过全血RNA-seq进行生物标志物的发现和分析，将会变得更为简单。他们的研究结果发表在8月12日的《Scientific Reports》杂志。

 血液携带的细胞，可提供多种有用的生物标志物。血液作为一种液体活检，在临床研究中有着广泛的应用，因为其取样的简便性和快速动态性：大多数的细胞是携带氧的红细胞，在所有血液RNA当中致使球蛋白RNA分子50%–80%的富集。

技术上的偏差

球蛋白如此高的普遍性，因此，血液相关基因表达生物标志物的研究，就变得复杂化，从而造成了技术偏差，并留下了无法探测到的生物相关分子。根据研究人员介绍，这项研究首次介绍了一种详细方法——GlobinLockTM——能够克服红细胞引起的血样分析的局限性，红细胞使得从血液中识别或跟踪下游的任何生物标志物，都变得复杂化。已公布的和正在申请专利的试验，最大限度地减少了对试剂和样品材料的需求，从而使得它成为一种有效和强大的工具。

本文第一作者、Kaarel Krjutškov博士说：“GlobinLock的球蛋白下降率，对于任何应用程序来说是足够的。它将球蛋白的普遍率从以前的63 %减少到了5%，这使得它成为生物科技公司的一种有效工具，被添加到试剂盒中。”

DNA链

这种新的方法包括一对短的合成DNA链，通过高度特异性结合，可沉默大多数的球蛋白RNA分子。根据研究人员解释，这两条链被引入到纯化的RNA样品中，并且，在RNA变性后是立即有效的，整个互补的DNA合成过程，只有十分钟的潜伏期。

锁定的DNA分子特异性地结合在球蛋白的RNA poly-A位点，这还需要进一步分析。因此，在下游操作之前，球蛋白RNA是被“锁定的”，在血液RNA生物标志物的应用中并不会引起技术的偏差。

Juha Kere教授说：“我们发现，球蛋白锁定是完全有效的，不仅适用于人类的样本，也广泛适用于动物模型，如小鼠、大鼠、牛、狗甚至斑马鱼。”